2019年04月03日

【論文】学名にハイフン?

先日、大阪市立自然史博物館に本草学資料の調査に行く機会がありました。
お世話になった学芸員さんに「ちょうど出たばかりなんですよ」と博物館紀要(物理)をいただき、そういえば博物館の紀要ってどんなん出てるんだろ、とパラパラ眺めていたのですが、その中にちょっと気になるところが。

中M直之, 瀬口翔太, 藤本将徳, 有本久之, 伊藤建夫, 藤江隼平, 高柳 敦 (2019) 京都大学芦生研究林で2008年から2016年まで採集された甲虫類. 大阪市立自然史博物館研究報告, 73, 91-105. 【リンク
nakahama.jpg
↑???  マルヒラタケシキスイという甲虫の学名が Parametopia x-rubrum となっていて、学名にハイフンが入っている。これって適格なんだっけ?

…というわけで国際動物命名規約第4版(物理)を確認してみたのですが、ありました。

条32の「32.5. 訂正されなければならない綴り(不正な原綴り)」のところですね。
kiyaku2.jpg
32.5.2.4.3. 先頭要素がそのタクソンの形質を説明的に示すために使用されるラテン文字1文である場合,それを維持し,ハイフンを介してその小名の残りの部分をつなげなければならない.
例:Polygonia c-album(シータテハ)中の c-album.このチョウの翅の白い斑紋が文字cに似ていることが名付けられた.


マルヒラタケシキスイを画像検索してみると… 【検索結果】

翅に赤く小文字のxのような模様が確かにあります。xがこの「翅の形質」を説明的に示しているので、ここではハイフンを維持して種小名を繋がなければならないというわけですね。平嶋 (2012)によれば他にも後翅にc模様を持つキタテハ Polygonia c-aureum も「金のc」、エスハマダラミバエ Shiracidia s-nigrum も「黒いs」という意味で、同様にハイフン付きの学名が適格とされています。

フジツボでは見かけない学名の付け方で見つけたときは驚いてしまったのですが、規約上は有効な学名として現在も維持されているようですね。

【参考文献】
動物命名法国際審議会 (2000) 国際動物命名規約第4版 日本語版. 日本動物分類学関連学会連合.
平嶋義宏 (2012) 学名論ー学名の研究とその作り方. 東海大学出版会.
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2019年02月18日

研究職志望院生へのエール。

なんでまたよりによって俺なんかにコメントを求めるのか、というツッコミはさておき、某所で知り合ったM1(他分野)の学生から就活の相談を受けた。「今就活中で研究職志望なのだがどのように就活すればいいか」と。うん、キミは激しくカン違いしている。僕は公募に出しても全戦全敗で、たまたま長いことバイトで世話になってた会社に運よく拾われただけで、実はまっとうな就活をしたことがないんだ(こんな就活の経験はあるけど)。

こう言ってしまうと根も葉もないんですけどね、修士1年てことはまだ「卒論やったことあります」ってだけなのね。当たり前ですけど修論まとめた経験すらない状態なのよ。いやこれはキミを責めてるわけでもなく当たり前の事実として。そんな状態で「研究職志望です」と言われてもさ、正直わからんのよ。キミが研究と思ってるソレ、本当に研究ですか?というレベルでわかんないの。

企業の研究と大学の研究はまぁ目的もアウトプットの手段すらも全然違うし、まぁまだ企業の研究でマトモな成果を出していない俺が言うのもナンだけどさ、基本的には研究って「これまでにない新たな知見を論文なり特許なり製品なりのアウトプットとして生産する行為」なのよね。

で、「これまでにない新たな知見」を生み出すためには「これまで何がどこまで明らかにされてきたか」って既存の成果のレビューが必要なのね。キミんとこのラボがどんな研究しててキミの修論テーマがどんなんかも知らんけどさ、ラボに代々伝わる伝統のテーマとかだともうそれを自分で整理する必要すらないわけ。歴代整理され続けてるからね。で、本当にわけのわからん未知の分野にポンと投げ込まれて「それやれ」って言われたときにその新たな分野で何がされてきたかレビューできますか?ってのが研究職で最低限必要になる能力だと思うのね。M1だし別に現時点でその能力を身につけとけとは言わないよ、そんなもん普通は博士課程の3年間でようやく身につけるレベルの特殊能力だと思うからね。

というわけでさ、これやっとけば研究職の就活で有利です、なんてアドバイスはないのよ。しいて言えば「真面目に卒論修論やってください」なんだけど、そんなもん当たり前のハナシでさ。まぁ俺に人事権なんてないのだけど、もし新しく同僚になってくれる人を俺が選べるのであれば、俺はどんな分野であれ自分の卒論・修論についてアツく語れる人に来てほしいなと思うよ。人事権がある人にそれがウケるかどうかは知らんけどさ。

という何のアドバイスにもならないコメントをしてきました。
posted by かめふじ at 22:37| Comment(0) | 漫録 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2019年02月12日

『ハエトリグモハンドブック』の素晴らしさを語る

文一総合出版のハンドブックたち、いいですよね。
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手元にあるだけでなんでも同定できるぜ!という気持ちになれます。

しかしこの中に1冊、飛び抜けた存在感を放つものがあります。

ハエトリグモハンドブック
須黒達巳著『ハエトリグモハンドブック』

amazonの見ても☆5ばかりの高評価を叩き出しています。レビューも軒並み高評価です。
ただ、どれも写真の素晴らしさと著者のハエトリ愛を称えるばかりでこの本の真の価値に踏み込んでいません。

この本の真の価値、それは『網羅性』です。

著者によれば
「日本から記録のあるハエトリグモのうち、記録の疑わしいものを除き、確実に生息すると判断するのは2017年9月現在105種です。このうち本書には103種掲載しました。」
ということです。実に98.1%をこの本に収めているのです(注)。

ということは、目の前に出てくるハエトリグモはまず間違いなくこの本に掲載されているはずなのです。わかりますか、これはポケモンGOどころのハナシではなく、現実の世界に「ハエトリGO」の世界を確立してしまったということなのです。そして98.1%を網羅しているはずの本書に掲載されていないハエトリグモが出てきてしまったら…それは未記載種、つまり新種である可能性が非常に高い。そうでなければ外国で記載されて本邦で記録のなかった新産地の発見となるか、または外国の資材などに紛れて入ってきた外来種です。いずれにしても自らの発見を生物学史上に学術論文として残すチャンスなわけです。

実際には未記載の生物なんてそこら中にいるのが現実です。ただ、それを新種として命名するには、既知種と比較して「この形態が既知種のどれともこのように違う、だからこれは新種です」という『記載』という作業が必要になります。この『既知種』がどれだけいるかを把握することだけで分類群によっては博士課程の3年間くらいはあっという間に過ぎ去ります。博士課程の3年分にも匹敵する情報をたった1冊にまとめて整理されてしまったら… 我々がやることは1つしかないではないか!そう、新種記載です!この本を参考にハエトリグモを採集・同定しハエトリレベルを上げ、来るべき発見に備える。これはヤバいですよ。マジでヤバいですよ。あまりの感動にサインもらっちゃったよ。
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というわけで、このハエトリグモハンドブックを購入した9月以来つくば市にある職場構内で昼休みにハエトリグモ採集を始め、10種の採集に成功しましたという記念記事でした。
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左上からミスジハエトリ、シラヒゲハエトリ、アオオビハエトリ、マミジロハエトリ、オオハエトリ、ヤマジハエトリ、ネコハエトリ、カラスハエトリ、ヨダンハエトリ、アリグモ。
ハエトリグモの活動が鈍り出す秋口から始めた採集ですら10種も採集できたということは、シーズン開始からアタックできる今年はさらなるハエトリグモとの出会いが期待できそうです。

著者の須黒氏がハエトリグモ採集に行っていないフィールドはもはや国内に残されていないのではとも思われますが、教員としての職を得られ、幸か不幸かなかなか研究に集中できない状況であるらしいと聞いています。彼が仕事に忙殺されモタモタしている間に1種くらいは僕も新種として記載して命名したいなぁと思っています。

(注)本書の出版後、僕が確認できただけでも著者による発見で本邦産ハエトリグモが2種増えています…
ユキガタハエトリ(新称)
Suguro T (2018) Dendryphantes czekanowskii Prószyński 1979 (Araneae: Salticidae), new to Japanese fauna. Acta Arachnologica, 67(2), 91-94.
キョクトウゼブラハエトリ(新称)
Yamasaki T, Suguro T (2018) Taxonomic note on Salticus latidentatus (Araneae: Salticidae)–a spider species new to the fauna of Japan. Acta Arachnologica, 67(2), 81-85.
posted by かめふじ at 23:55| Comment(0) | 読書 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2018年10月23日

放送大学から学術論文にアクセスする

学術論文に日常的にアクセスできるかどうかは研究生活を支える最も重要なインフラの1つと言っていいだろう。大学・大学院を卒業し民間企業に就職してしまうと多くの場合は出版社と契約していないため、マトモに入手しようとすれば論文1本40ドルなどと吹っ掛けられることとなる。旧帝大をはじめとする恵まれた研究大学にいると論文が手に入るのは当たり前という感覚になるが、残念なことに大学の外に一歩出ればPDFなど落ちていない。運が良ければ著作権を無視した著者がresearchgateにupしたPDFがあるかもしれないが、多くの場合は「Purchase PDF」とボタンが出てきて諦めることになるだろう。東大の大学院を修了して地方国立大に異動したポスドクが「こんなに論文が手に入らないなんて」などと嘆くシーンも何回か見かけたが、その地方国立大の契約誌数ですら圧倒的にうらやましく感じるのがアカデミア外の在野の研究者生活である。これまで僕も旧帝大・地方国立・旧独法研究所とアカデミック機関に在籍した期間があるが、
旧帝大>地方国立>>>>圧倒的に超えられない壁>>>>旧独法研究所>超えられないけどもはやどうでもいい壁>民間会社(ゼロ)
というのが実際に体感した印象である。

幸いにも出版社の論文サイトには著者のメールアドレスが載っていることが多いので直接
「アンタの論文おもしろそうだからPDF送っておくれ」
とメールすればだいたい手に入るものだが、返事が来るかどうかは相手次第、相手が忙しい場合にはスルーされるし場合によっては迷惑メール行きで入手不可能なんてこともありうる。「さいはぶ」という最後の手段もあるけど、いつまで使えるかもわからないしそもそも真っ当な方法ではないので万人におススメできる手段ではない。

なんとか合法的に学術論文にアクセスする方法はないだろうかと考え、放送大学入学という手段を思い付いた。放送大学の学生として電子ジャーナルアカウントを作成し、学術論文にアクセスできないだろうか。以下は選科履修生として入学した僕が試してみた放送大学からアクセス可能な出版社と各学術誌のリストである(僕が興味ある分野、生態学、動物学、海洋学あたりを中心にクリックしてチェックしただけなので、ここにリストしていないものは未チェック)

Springerは Marine Biology, Biodiversity and Conservation, Environmental Biology of Fishes, Oecologia, Biological Invasions, Evolutionary Biology, Evolutionary Ecology, Population Ecology, Limnology, Conservation Genetics Resources, Ecological Research, Hydrobiologia, Ichthyological Research, Journal of Ornithology, Polar Biology, Helgoland Marine Research, Landscape and Ecological Engineering, Wetlands Ecology and Management, Marine Biotechnology, The Science of Nature (Naturwissenschaften), Fisheries Science, Landscape Ecology…などなどチェックしたものはなんでも読める感じ。

一方で SpringerLinkからNature系列誌には飛べず、Nature本誌含め姉妹誌は全滅っぽい。Wileyも学内からのみ一部だけアクセス可能ということでほぼ全滅。ScienceとPNASもリンクなし、Royal Society, Oxford Journals, Taylor and Francis, BioOneも全滅。

Cambridgeは人文・社会科学分野パッケージの252タイトルのみ閲覧可能ということでJournal of the Marine Biological Association of the United Kingdomは読めなかった。

悪名高いElsevierに関しては読めたり読めなかったりでその傾向がよくわからない。
読めたものは以下(もちろん一部のみ)、
Molecular Phylogenetics and Evolution, Animal Behaviour, Biological Control, Trends in Ecology & Evolution, Zoologischer Anzeiger, Zoology, Marine Policy, Gene, Ecological Complexity, Ecological Genetics and Genomics, Journal of Insect Physiology, Journal of Thermal Biology, Journal of Human Evolution, Fungal Ecology, Mycoscience, Journal of Historical Geography, Mammalian Biology, Evolution and Human Behavior.

読めなかったものは以下、
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Ecological Indicators, Biological Conservation, Current Biology, Water Research, Marine Pollution Bulletin, Gondwana Research, Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology, Marine Environmental Research, Marine Chemistry, Journal of Great Lakes Research, Journal of Theoretical Biology, Ecological Engineering, FEMS Microbiology Ecology, Journal of Sea Research.
特に分野に偏りがあるようにも思えず、雑誌チョイスの基準がよくわからない。Current BiologyとJournal of Experimental Marine Biology and Ecology, Marine Pollution Bulletinは読めると嬉しかったのだが。

放送大学には卒業を目指すガチ勢の全科履修生と、興味ある科目だけ履修する選科履修生、科目履修生とある。今回学術論文チェックをした僕は選科履修生で1年間の在学期間を許されている。電子ジャーナルアクセス権に全科と選科の違いはないようだ。1科目でも履修し続けていれば放送大学の学生である。2018年10月入学で、2科目4単位を履修中である。入学金9000円と2科目の授業料22000円で31000円だった。1単位5500円、1科目2単位11000円で半年間上記リストの学術論文アクセス権を入手できると考えると安いだろうか高いだろうか。


なおZootaxaは何をしても読めない模様(さいはぶでも入手不可
posted by かめふじ at 17:41| Comment(0) | 漫録 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2018年08月05日

退院後の生活

入院生活は結局2週間におよび、7月10日に晴れて退院となった。入院生活中、そのほとんどを車椅子と歩行器に頼っており自力でまともに歩かない日々だった。そのため体重が5kgも落ちており、また下半身のどの筋肉もなくなっていて筋肉のクッションなく直接骨に触れてしまうという貧弱な体になってしまった。2週間歩かないだけで自力で歩くための筋力すらなくなるのか、着陸直後の宇宙飛行士とはこんな感覚であろうか、としょうもないことを考えていた。

入院生活といえばおそらく幼稚園に入る前くらいに小児喘息で入院したことがあるようなうっすらとした記憶がある程度で幸いにもこれまでの人生であまり縁のない生活を送ってきた。そのため、今回の入院を得がたい体験をした、と解釈することもできないことではないような気がしないでもない。その得がたい入院生活では、介護とは完全に専門技能なんだなぁという当たり前のことを再認識させられた。入院前には妻が起き上がりを手伝ってくれようとしたりいろいろ気を使わせてしまったけれども、正直体を預けるのが怖かった。歴戦の看護師さんたちは多少こちらが痛もうとも、最節約な形で起き上がらせてくれたり車椅子に乗せてくれたりした。これは個人の努力でどうにかなるもんではなく、プロがシフトを組んで回すものだ。これを家族に押し付けてはいけない、と数週間要介護おじさん生活を経験して強く思った。

さて、病院食は最低限これだけ食っとけ、という程度の内容で、とてもこんなものを食べていては回復など及ばぬ、今はとにかく肉を食べて筋肉を戻さねば、と退院直後の夜ご飯に焼肉を食べに行った。ひさしぶりにいただくたんぱく質の塊は生きているという実感を思い起こさせた。どの肉も美味で素晴らしかったのだが、特にレバーを口にしたときの「今俺の体が必要としているのはこれだ」という衝撃は感動的だった。美味い不味いの基準でなく、体に足りていないものが今補給されたのだという確かな確信。食事においてあのときのレバーを超える感動はしばらくなさそうだ。

怪我の実態としては、入院時腰回りにたまった血中の膿の数値(CRP)が最初20近くあったということだった。これは腰の膿が全身の臓器に転移してたら敗血症で死んでたかもしれないレベルだ、と医師から聞いた。入院前に3週間近く痛み止めを飲んでごまかしていたのだが、この薬の副作用で肝臓に著しくダメージがあったそうだ(血中のγ-GTPなる数字らしい)。この肝臓でよく転移しなかったものだ、あと2〜3日入院が遅かったら死んでいたかもしれない、というような趣旨のことを言われた。

現在は退院から3週間以上が経過し、日常生活レベルの移動に伴いふくらはぎやももの筋肉が少し戻ってきている。しかしまだ大腿筋の付け根あたりに痛みが残っており、寝ている状態からの起き上がりに特に痛みを感じる。また、一日生活している中で午前中はそこそこ歩けていても夕方になると疲れて歩くのが辛くなるなど著しい体力の低下を感じている。退院後は1週間もすれば運動できるようになるだろうと軽く考えていたのだが、まだ階段の上り下りにすら疲労を感じるレベルである。

先日、退院後2回目の血液検査を受けた。血中の膿の数値は1を完全に切り、数値としては健常者レベルに戻っているという嬉しい結果だった。一応、体内の膿は駆逐されたと解釈してもいいらしい。一日一錠で続けてきた飲み薬についてももう飲まなくてもよいという診断が下された。ただ、まだ大腿筋の付け根に痛みが残っていて、この痛みが完全に抜けるにはあと2〜3ヶ月かかるかもしれないと言われてしまった。軽くシャドーくらいなら、と試しに動いてみたものの、ちょっと腰をひねるだけで痛みが出てしまう。この痛みがある限りは走れもしないしトレーニングもできない。練習できなくなってもう2ヶ月が経過している。ボクシングできない日々がこれほどまでにストレスになるとは思わなかった。体を動かすことができずアドレナリンも出てこないため、論文読み書きの集中力もガタ落ちである。研究するには練習して体を動かさなければならない。これはこの5年ほどで身についてしまった習慣で、完全に体に染み付いてしまった。あと2〜3ヶ月は低空飛行が続きそうだ。

飲み薬の終了許可が下りたものの、痛みがある以上まだ膿が抜け切っていないのでは、と疑いを消せない。ここで薬を止めてまた化膿してしまっては困るので、あと2週間は飲み薬を続けたいと希望したところ、気になるなら飲んでもよいという許可を得たため、まだ飲み薬は続けている。

一刻も早くまたジムに行き、疲れ果ててアドレナリンドライブが始まるまで練習できるよう復活したいものだ。
posted by かめふじ at 01:43| Comment(0) | 漫録 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする